Muziekwetenschap participeert in drie van de onderzoekszwaartepunten van de UvA: Cultural Heritage and Identitiy (Cultureel Erfgoed en Identiteit), Cultural Transformations and Globalisation (Culturele Transformaties en Globalisering), en Brain & Cognition (Cognitieve modellen en leerbaarheid - interfacultair).

Onderzoek richt zich op het in kaart brengen van muzikaliteit, de rol van de luisteraar en metafysische reflecties daarop, als ook de rol van muziek in de globalisering en transformering van cultuur.

Het onderzoek is ondergebracht bij verschillende onderzoeksinstituten, zoals het Amsterdam Institute for Humanities Research (AIHR), de Amsterdam School for Cultural Analysis (ASCA) en het interfacultaire Institute for Logic, Language and Computation (ILLC).

Een deel van het onderzoek wordt gefinancierd door de Nederlandse organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek (NWO) en de Koninklijke Nederlandse Academie voor Wetenschappen (KNAW).