Het onderzoek van Wijsbegeerte is ondergebracht in vier programma's die aansluiten bij de onderzoekszwaartepunten 'Globalisation , 'Brain and Cognition' en het thema “Communication”.

- Philosophy and Public Affairs (PPA): onderzoek naar klassieke vragen in de praktische filosofie, zoals de grondslagen van ethiek en sociaal-politieke filosofie, in het licht van nieuwe en actuele problemen.

- Logic and Language, Mind, Body, and Behavior (LLA): onderzoek naar interpretatie- en redeneerprocessen, en de rol die biologische en sociale componenten daarin spelen; daarnaast onderzoek op het terrein van de Digital Humanities.

- Philosophical Tradition in Context (PTC): onderzoek naar de historische ontwikkeling van filosofische thema’s (in culturele en sociale context) in wisselwerking met wetenschap en religie, cultuur en maatschappij, met aandacht voor niet-westerse filosofie.

- Critical Cultural Theory (CCT): onderzoek naar kunst en populaire cultuur (zoals film) als vormen van kritiek, specifieke ervaringen van moderniteit en ‘ways of worldmaking’.