Bioinformatics engineer

‘Ik ben Informatica gaan studeren omdat ik geïnteresseerd was in games. Tijdens de bachelor, van 2006 tot 2009, hield ik me hier eigenlijk niet meer mee bezig en raakte ik geboeid door natuurkunde en biologie. Ik heb een jaar tevergeefs een master in Games & Mediatechnologie gevolgd, waarna ik in Stockholm de master Bioinformatica ging doen. Ik wilde graag naar het buitenland en Stockholm is een uitstekende plek voor life sciences. In 2014 verhuisde ik voor de liefde naar de Verenigde Staten. Inmiddels werk ik als bioinformatics engineer bij het Memorial Sloan Kettering Cancer Center in New York, een wereldberoemd kankercentrum.’

Visualisaties maken van DNA-mutaties

‘Hier houd ik me bezig met de ontwikkeling van cBioPortal, het meest gebruikte open source visualisatie- en analyseplatform voor kankerdata. We krijgen gegevens van alle duizenden patiënten die hier worden gescreend en visualiseren onder meer hun DNA-mutaties. Artsen kiezen op basis hiervan een behandeling. Tegelijkertijd probeer ik de genetische reden te achterhalen van zeldzame typen borstkanker bij individuele patiënten. Ook hierbij analyseer ik data en maak ik visualisaties voor publicaties, onder meer van de ontwikkelingen van kankercellen. Het mooie van dit werk vind ik dat echt iets betekent wat je doet. Ik zie meteen hoe patiënten worden geholpen door technologie.’

Codes beoordelen

‘Ik ben blij dat ik tijdens mijn bachelor veel theorie heb geleerd, zoals algoritme en complexiteit, datastructuren en lineaire algebra. Als je eenmaal werkt, heb je geen tijd meer om hier weken aan te besteden. Tijdens de programmeervakken heb ik vaardigheden opgedaan die ik nog steeds toepas, zoals kritisch een code kunnen beoordelen op modulariteit en leesbaarheid. cBioPortal heeft een open source community, en mensen van ziekenhuizen over de hele wereld dragen codes bij. Hierbij denk ik regelmatig terug aan hoe de student-assistenten van de opleiding codes bekeken. Iedereen deed dit op een andere manier, en als ik me  deze verschillende manieren weer voor de geest haal, kan ik vanuit verschillende visies kijken naar de code.’

Vormende discussies

‘De bachelor heeft me ook gevormd in een heel andere zin. We voerden altijd veel discussies met elkaar over uiteenlopende, soms filosofische, onderwerpen. Dat ging met een diepgang die ik daarvoor eigenlijk nooit was tegengekomen. Ik ben er stukken leergieriger door geworden en heb er een breder wereldbeeld aan overgehouden.’

Sfeer is informeel

‘Er heerst een goede sfeer aan de UvA. Met de student-assistenten kon ik bijvoorbeeld altijd ontzettend lachen. Zelf heb ik ook als student-assistent gewerkt bij de bachelor en dat was fantastisch; je leert de stof stukken beter als je het zelf moet uitleggen. Ik heb er nog vriendschappen aan overgehouden. Eén student-assistent woonde tot voor kort ook in New York, vlakbij mij, en daar sprak ik veel mee af. Ook vond ik het erg fijn dat de UvA niet zo formeel is. Docenten zijn heel benaderbaar.’

Veel kanten mee op

‘Informatica is naar mijn mening een geschikte studie voor iedereen die affiniteit heeft met wiskunde en informatica. Er zijn weinig mensen die ik het niet zou aanraden. Je hoeft echt geen goede programmeur te zijn of alles van technologie te weten. In veel verschillende gebieden komt het van pas om verstand te hebben van informatica. Je hoeft na je bachelor dan ook niet per se in het vakgebied verder: je kunt er ook heel veel andere kanten mee op. Kijk maar naar mij.’