Zij was van 1 april 2012 tot 19 april 2015 voorzitter van het College van Bestuur van de Uva en de HvA. Vanaf 2010 was zij voorzitter van de Gezondheidsraad en universiteitshoogleraar Gezondheid en Maatschappij aan de Universiteit van Amsterdam. Daarvoor was zij vanaf 1991 hoogleraar bij de UvA en heeft zij - eerst als lid en later als voorzitter van de Raad van Bestuur - jarenlang leiding gegeven aan het Academisch Medisch Centrum Amsterdam (AMC) en was zij decaan van de Faculteit der Geneeskunde van de Universiteit van Amsterdam. Ook was zij als wetenschapper werkzaam aan de Universiteit van Leuven en de Erasmus Universiteit Rotterdam (EUR). Mevrouw Gunning studeerde geneeskunde aan de Rijksuniversiteit Groningen en aan de Johns Hopkins School of Public Health in Baltimore, USA. Zij promoveerde aan de EUR.