Vermeij werkt al meer dan twintig jaar aan koraalrifsystemen, in het Caraïbisch gebied en de Stille Oceaan, waarbij hij zijn onderzoek richt op de evolutionaire en ecologische dynamiek van benthische zeeorganismen. De nadruk ligt hierbij op koralen, algen en microben. Hij is vooral geïnteresseerd in de wijze waarop koralen tijdens hun vroegste levensfasen overleven. Vermeij werkt veel samen met verschillende internationale onderzoeksgroepen op het gebied van de microbiële ecologie van koralen, wat leidde tot een reeks nieuwe ontdekkingen, bijvoorbeeld van zogenoemde Apicomplexa die koraal infecteren.

Vermeij hecht grote waarde aan het gebruik van kennis uit wetenschappelijk onderzoek ten behoeve van besluitvorming met betrekking tot natuurbehoud in zee. Hij heeft dan ook een deeltijdaanstelling als onderzoeks- en adjunct-directeur bij Carmabi, een onderzoekstation op Curaçao dat onder meer de nationale parken van het eiland beheert en lokale natuureducatieprogramma's verzorgt. Vermeij werkt regelmatig samen met de overheden van Curaçao en andere Caribische eilanden om het beheer van Caribische rifsystemen te verbeteren. Op Curaçao leidde hij met succes de totstandkoming van vijf natuurgebieden onder bescherming van het internationale RAMSAR-verdrag. Ook was hij betrokken bij de totstandkoming van het Curaçao Marine Park en een aantal visvrije zones rond het eiland.

Als hoogleraar aan de UvA blijft Vermeij zich richten op het bestuderen van de processen die bijdragen aan de organisatie en structuur van koraalrifgemeenschappen. Ook gaat hij verder met het bestuderen van de voortplantingsstrategieën en de vroegste levensfasen van koraalsoorten waarover komenteel weinig tot geen informatie bekend is. Daarnaast blijft Vermeij kennis uit wetenschappelijk onderzoek vertalen in aanbevelingen en beleidsadviezen voor overheden in het Caraïbisch gebied en daarbuiten.

In het onderwijs zal Vermeij een belangrijke rol spelen in onder andere de master Biologal Sciences, in het bijzonder binnen de track Freshwater & Marine Biology.

Over Vermeij

Vermeij promoveerde in 2002 aan de UvA op het terrein van de tropische mariene, waarna hij tot 2008 als post-doc werkte aan de Rosenstiel School of Marine and Atmospheric Science in Miami. Van 2005 tot 2008 was hij associate researcher aan de Universiteit van Hawaï in Manoa en vervolgens trad hij in dienst bij Carmabi op Curaçao. Sinds 2009 heeft hij een gedeelde aanstelling bij Carmani en aan de  UvA, eerst als universitair docent en vanaf 2013 als universitair hoofddocent.

Daarnaast is Vermeij onder andere lid van het bestuur van het Nederlandse koraalonderzoeksnetwerk AcroporaNet, de SECORE Board of Scientific Advisors en het bestuur van de Association of Marine Laboratories in the Caribbean (AMLC). Ook is hij redacteur bij het tijdschrift Coral Reefs (sinds 2011) en reviewer voor tal van wetenschappelijke tijdschriften, waaronder Ecology, Nature, PNAS, en Conservation Biology.