Neeltje van Horen doet onderzoek naar de interactie tussen de financiële sector en de reële economie. Zo bestudeert ze de impact van grote economische schokken - zoals financiële crises - op bedrijven en huishoudens, de effecten van nieuwe beleidsinstrumenten - zoals kapitaalbuffers - op het gedrag van banken, en de link tussen banken en overheden. Veel van haar eerdere onderzoek concentreert zich op de rol van internationaal opererende banken in kredietverlening aan bedrijven en de transmissie van schokken. Van Horen publiceerde in toonaangevende wetenschappelijke tijdschriften, waaronder Review of Financial Studies, Journal of Financial Economics en American Economic Journal - Macroeconomics.

Als hoogleraar zal Van Horen haar ervaring met maatschappelijk relevant onderzoek inzetten in het onderwijs- en onderzoeksprogramma van de Faculteit Economie en Bedrijfskunde van de UvA.

Van Horen is sinds 1 juni 2016 werkzaam bij de Bank of England. Daarnaast is ze als Research Fellow verbonden aan het Centre for Economic Policy Research (CEPR).  Eerder was zij als onderzoeker werkzaam bij De Nederlandsche Bank en de Wereldbank. Daarnaast werkte zij als gastonderzoeker bij de European Bank for Reconstruction and Development (EBRD), het Internationaal Monetair Fonds (IMF), de Federal Reserve Bank of Chicago en de Federal Reserve Board. Ze is tevens werkzaam als co-editor voor Journal of Money, Credit and Banking en ze maakt deel uit van de editorial board van Economic Policy. Van Horen promoveerde aan de UvA op het proefschrift Economic Effects of Financial Integration for Developing Countries.