Esther de Jong doet onderzoek naar de functie van menselijke dendritische cellen. Dendritische cellen zijn de poortwachters van het immuunsysteem en zijn met name daar te vinden waar ons lichaam aan de buitenwereld grenst, zoals: de huid, de slijmvliezen van de longen, het spijsverteringskanaal en de urinewegen en geslachtsorganen. Deze cellen zijn gespecialiseerd in het herkennen van binnendringende ziekteverwekkers (pathogenen). Wanneer een dendritische cel een pathogeen herkent, raakt hij geactiveerd en migreert vervolgens naar de lokaal drainerende lymfeknoop om aldaar een specifieke immuunrespons in gang te zetten.

Het onderzoek van De Jong heeft geleid tot het concept dat dendritische cellen een specifieke en gepolariseerde immuunreactie induceren die afhankelijk is van het type pathogeen wat binnen komt, en gericht is op de eliminatie ervan. Derhalve zijn dendritische cellen geen homogene populatie cellen. Het weefsel waarin de dendritische cellen zich bevinden heeft een grote invloed op hun functie, zo heeft het onderzoek van De Jong aangetoond. Zo kunnen bijvoorbeeld de dendritische cellen in de opperhuid (epidermis), de Langerhanscellen, veel minder goed op bacteriën reageren dan de dendritische cellen in de dieper gelegen lagen van de dermis. Dit is het gevolg van het ontbreken van specifieke receptoren door adaptatie van het immuunsysteem aan de lokale situatie in het weefsel. In het geval van de huid is het de aanwezigheid van normale commensale bacteriële flora, waartegen niet gereageerd dient te worden.

De keerzijde van een goed werkend immuunsysteem is het risico op het ontwikkelen van chronische ontstekingsziekten, zoals allergieën en auto-immuunziekten. Bij deze aandoeningen reageert het immuunsysteem per abuis op onschuldige stoffen, zoals graspollen of lichaamseigen eiwitten, alsof het pathogenen zijn. Het onderzoeken van de functie van dendritische cellen en hoe deze cellen de immuunrespons reguleren in ziekte en gezondheid vormt het hart van het onderzoeksgebied van De Jong. Daarnaast richt ze zich in haar onderzoek op het gebruik van dendritische cellen voor het verbeteren van allergeen-specifieke immuuntherapie voor de behandeling en/of preventie van allergie, en op inductie van suppressie van abusievelijke responsen in patiënten die lijden aan een auto-immuunziekte.

De Jong is sinds 1996 verbonden aan het AMC, sinds 2007 als universitair docent bij de Afdeling Celbiologie en Histologie. Ze is Principal Investigator en leidt het onderzoeksprogramma Functional Biology of Human Dendritic Cells. De Jong verwierf verschillende onderzoekssubsidies waaronder van technologiestichting STW en ZonMw. Ze publiceerde tal van artikelen in wetenschappelijke tijdschriften als Immunity, Blood en Journal of Allergy and Clinical Immunology.