Remieg Aerts houdt zich in zijn onderwijs en onderzoek bezig met Nederlandse en algemene geschiedenis sinds 1750, in het bijzonder van de negentiende eeuw. Daarbinnen heeft hij vooral bijgedragen aan de studie van politieke en parlementaire cultuur, burgerschap en burgerlijkheid, democratie en grondwet, begripsgeschiedenis, cultuurkritiek, persgeschiedenis en stadsgeschiedenis. Zijn belangstelling gaat uit naar vormen van politiek gezag en de sociaal-culturele inbedding van de politiek.

In zijn onderwijs en onderzoek aan de UvA wil Aerts de komende jaren de aandacht richten op een internationale geschiedenis van Nederland en op de enorme betekenis van de consumptiecultuur in de moderne samenleving en politiek.

Binnenkort verschijnt van de hand van Aerts het boek Thorbecke wil het. Biografie van een staatsman, een moderne wetenschappelijke biografie van Thorbecke, geschreven op uitnodiging van van het Fonds Staatsman Thorbecke van de KNAW. Eerder publiceerde hij De letterheren. Liberale cultuur in de negentiende eeuw: het tijdschrift De Gids (Amsterdam: Meulenhoff 1997). Met Herman de Liagre Böhl, Piet de Rooy en Henk te Velde is Aerts de auteur van het succesvolle handboek Land van kleine gebaren. Een politieke geschiedenis van Nederland 1780-2013 (Amsterdam: achtste herziene uitgave 2013). Met Piet de Rooy schreef hij ook Hoofdstad in aanbouw 1813-1900. Geschiedenis van Amsterdam III (Amsterdam: SUN 2006). Verder publiceerde hij Het aanzien van de politiek. Geschiedenis van een functionele fictie (Amsterdam: Bert Bakker 2009), de bundel Omstreden democratie. Over de problemen van een succesverhaal (Amsterdam: Boom 2013, met Peter de Goede), Het (On)verenigd Koninkrijk 1815-1830-2015 (Rekkem 2015, met Gita Deneckere) en In dit Huis. Twee eeuwen Tweede Kamer (Amsterdam: Boom 2015, diverse mederedacteuren).

Aerts is sinds 2003 hoogleraar Politieke Geschiedenis na 1500 aan de Radboud Universiteit Nijmegen. Voor die tijd werkte hij als hij universitair docent Geschiedenis aan de Rijksuniversiteit Groningen en als docent Media en Cultuur aan de UvA. Hij gaf leiding aan het NWO-programma Omstreden democratie en was medeoprichter en eerste directeur van de Onderzoekschool Politieke Geschiedenis. Momenteel is Aerts onder meer lid van de wetenschappelijke raad van de Onderzoekschool Politieke Geschiedenis, lid van de wetenschappelijke commissie Kwaliteitsindicatoren Geesteswetenschappen en voorzitter van de wetenschappelijke raad van het Centrum voor Parlementaire geschiedenis. Ook is Aerts lid van de Raad van Advies van ProDemos (Huis voor Democratie en Rechtsstaat).

Voor zijn werk ontving Aerts diverse onderscheidingen: de Studieprijs Praemium Erasmianum, de SNS/RuG-dissertatieprijs, de Dr. Wijnaendts Franckenprijs van de Maatschappij der Nederlandse Letterkunde, en de D.J. Veegensprijs van de Hollandsche Maatschappij der Wetenschappen. In 2011 werd Aerts door de KNAW verkozen tot Akademielid. Ook is hij lid van de Koninklijke Hollandsche Maatschappij der Wetenschappen en lid van de Maatschappij der Nederlandse letterkunde.