In het onderzoek van Margriet van der Waal staan de Zuid-Afrikaanse literatuur en de postkoloniale Europese identiteit centraal. Ze publiceerde over selectieprocessen in het literatuuronderwijs in (post-)apartheid Zuid-Afrika (wat wordt er op school gelezen en wie bepaalt dat?). Voorts verdiepte ze zich in constructies en representaties van Afrikaner identiteit binnen en buiten Zuid-Afrika. Binnen de Europese context onderzocht ze aan de hand van literatuur en kunst verschillende dimensies van post-nationale identiteitspolitiek. Een rode draad in haar onderzoek vormt de wijze waarop contemporaine literatuur en kunst inzicht verschaft in de strijd om politieke en culturele waarden in een globaliserende wereld. Centraal daarin staat de vraag hoe identiteit verknoopt is met postkoloniale machtsvraagstukken.

Als bijzonder hoogleraar aan de UvA zal Van der Waal zich richten op de studie van het Afrikaans, in het bijzonder de Afrikaanse literatuur binnen de context van de Zuid-Afrikaanse samenleving in heden en verleden. Het gaat daarbij om literaire teksten in de brede zin van het woord vanuit de culturele, maatschappelijke en historische context. In haar onderzoek zal ze zich verdiepen in de rol van de natuurlijke omgeving en ruimte bij de totstandkoming van Afrikaner en andere Zuid-Afrikaanse identiteiten in heden en verleden. Een belangrijke vraag hierbij is hoe de effecten van urbanisering, (post-)industriële ontwikkelingen en economische op- en neergang op plaats en ruimte bepalend zijn voor culturele identiteit. Deze onderzoekslijn bevindt zich op het kruispunt van natuur, cultuur en sociale relaties in Zuid-Afrika, en verbindt de begrippen 'social justice' en 'environmental justice' via onderzoek naar het Zuid-Afrikaanse culturele archief.

Van der Waal is sinds 2008 universitair docent aan de Faculteit der Letteren van de Rijksuniversiteit Groningen (RUG) en sinds 2013 tevens tutor aan het University College Groningen. Eerder doceerde zij ook aan de Universiteit Utrecht en de Radboud Universiteit. Van der Waal was Erasmus Mundus fellow aan de Indiana University Purdue University Indianapolis in de Verenigde Staten, Osaka University in Japan en Pune University in India. Ze is lid en een van de oprichters van CMIECE: Cultural Mechanisms of Inclusion and Exclusion in Contemporary Europe, een interuniversitair onderzoeksnetwerk van de RUG, de Universiteit van Göttingen, Uppsala Universiteit, en de Universiteit van Gent. Daarnaast is ze in Groningen en Amsterdam betrokken bij het North South Lines-project, een debat- en discussie-initiatief over culturele relaties tussen Afrika en Europa.

Aan de RUG geeft ze onder meer colleges binnen het masterprogramma Euroculture en het bachelorprogramma Liberal Arts and Sciences. Ook verzorgt ze een module over het concept cultuur binnen Europa in de MOOC ‘Politics of Culture in Contemporary Europe’ van de RUG. In 2015 ontving Van der Waal een Teaching Excellence Fellowship van de RUG. Aan de UvA zal ze onderwijs geven op het terrein van de Zuid-Afrikaanse letterkunde, cultuur en geschiedenis aan studenten Neerlandistiek en Geschiedenis.